Ce qu’il y a de bien avec les PU, c’est qu’on peut vraiment les aménager à sa guise.
Je ne partirais pas sur une modification des batteries de démarrage.
D’ailleurs, si tu fais cette manip, comment vas-tu raccorder ton CTEK 250SE ?
Tes deux batteries étant connectées à ton alternateur, tu vas charger une des ces batteries avec le CTEK alors qu’elle est déjà rechargée par l’alternateur (si j’ai bien compris tes intentions 
) quand tu roules ?
Ca ne correspond pas du tout au schéma de charge préconisé pour ces chargeurs :
Si tu souhaites un gain de place, tu peux partir sur une adaptation du superbe projet de MACPOY26 et son caisson qui lui permet d’utiliser sa batterie et son chargeur dans plusieurs véhicules (Schéma circuit électrique chargeur batterie auxiliaire - #41 par macpoy26). Tu devrais facilement pouvoir le caser dans ton habitacle.
Il faudra juste que tu amènes le courant dans ton habitacle avec une section de câble adaptée à sa longueur.